Turtingą vietos gyventojų ir žydų sugyvenimo istoriją nutraukė fašistinės okupacijos metais siautęs Holokaustas. Tragiškiausias Holokausto laikotarpis truko ketverius metus – nuo 1941 m. birželio iki 1945 m. gegužės mėn., kai buvo vykdomos visuotinės žydų žudynės.
Ši tragedija Vandžiogalą palietė 1941 m. liepos 8 d. kai Boreko miške, šalia senųjų žydų kapinių, buvo sušaudyti 34 žydų tautybės gyventojai, 2 lietuviai, 1 rusas.
Šiandien, sausio 27-ąją, minima Tarptautinė Holokausto aukų atminimo diena. Vandžiogalos seniūnijos, gimnazijos ir laisvalaikio salės atstovai visų vandžiogaliečių vardu uždegė atminimo žvakutes Holokausto aukoms pagerbti.
